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房地产企业土地增值税一般按照销售额来预征，普通住宅为2%，商业为3%，各地会有所差异。房地产企业预售商铺,土地增值税预征率：对纳税人预售除公寓和别墅以外的非普通标准住宅，暂停按预售收入的1%比例预征土地增值税。
按照《地方税务局关于土地增值税清算问题的有关问题公告》（地方税务局公告2015年9号）第十三款之规定：关于确定房地产开发项目核定征收率的问题：
（一）普通标准住宅的核定征收率为6％；
（二）非普通标准住宅和其他类型房地产的核定征收率为8％；
（三）无法准确区分不同房地产类型的，核定征收率为8％。
按照《地方税务局关于土地增值税相关政策的公告》（地方税务局公告2015年8号）第十一款之规定：纳税人在存量房转让环节，无法按照地方税务局公告2015年8号第九条据实征收土地增值税的，主管税务机关按8％的核定征收率计算征收，并出具《存量房土地增值税核定征收通知书》。
具体我们通过下面的政策来了解土地增值税预征率各地的不同（全国）：
近些年，随着我国房地产行业的快速发展，房地产行业给我国经济的增长带来很大的助力。然而房地产企业在税务风险管理的过程中仍然存在着很多的不足和问题，在各个环节和流程中都有可能面对税务风险问题，给房地产企业带来了非常严重的影响。土地增值税作为房地产企业重要的税种之一，受其制度设计的影响，房地产企业面临一些税务风险。
（一）土地增值税核定征收税务风险
1、不符合核定征收规定的税务风险
（二）确定清算项目环节的税务风险
2、未能及时清算，需要缴纳滞纳金
3、清算单位错误视情况补缴税款、滞纳金等
4、非直接销售和自用房地产收入确定不符合规定
5、隐瞒、虚报转让价格或价格明显偏低的税务风险
6、与转让房地产有关的经济利益未按规定确认的税务风险
7、未取得合法凭据的无法扣除
8、未实际发生的成本不得扣除
9、扣除项目的分配或分摊不合规定
10、融资费用未按规定归集及扣除的税务风险
为了保证房地产企业的土地增值税清算工作正常进行，需要加强财务人员的核算管理水平，通过保持各部门之间的相互配合，进一步完善房地产企业的土地增值税清算工作。
为了保证房地产企业土地增值税清算工作的合法性，需要在扣除项目中对票据的合法性和真实性进行审核，对于实际发生但是没有取得合法票据的项目不予扣除，并且需要根据发票的实际金额和付款金额，合同金额，决算金额孰低的原则进行确认成本。
在营改增之后，房地产开发企业想要保证税收筹划工作的顺利进行，需要树立良好的土地增值税税收筹划意识。
要想税收优惠政策的作用能够得到充分的发挥，房地产开发企业的税务管理人员需要对国家土地增值税的相关内容进行深度探究，从而根据工程项目的面积以及出售数量等实际情况，选择相对应的税收优惠政策，从而有效的把控土地增值税增值率的比率。
房地产企业土地增值税清算工作能否顺利进行，直接关系到了房地产企业的整体发展。
要想保证房地产企业的土地增值税清算工作正常进行，税务管理人员要对当下的政策进行了解并且制定合理科学的税务筹划方案，保证清算过程的合理性和严谨性，避免由于工作人员的失误影响到最终的计算结果，最后还需要选择合理的税收优惠，在合法的范围内最大限度的降低房地产企业的税务负担。